Fundacja Dzieci Niczyje od 2004 roku zajmuje się problemem dzieci – ofiar handlu i dzieci cudzoziemskich bez opieki.

W ramach programu FDN realizuje m.in.:
- przesłuchania małoletnich cudzoziemców bez opieki ubiegających się o status uchodźcy w Polsce – w miejscu przyjaznym dziecku i w obecności psychologa;
- udział w pracach grupy roboczej działającej w ramach Krajowego Programu Zwalczania i Zapobiegania Handlowi Ludźmi;
- konsultacje dla organizacji i profesjonalistów oraz monitoring spraw zgłoszonych;
- szkolenia dla profesjonalistów;
- wydawnictwa na temat problemu handlu dziećmi;
- projekty badawcze.

Ponadto, w latach 2004 – 2006, w ramach programu Rady Państw Morza Bałtyckiego Fundacja sprawowała funkcję polskiego punktu konsultacyjnego ds. dzieci cudzoziemskich bez opieki oraz dzieci – ofiar handlu.